La UNJu posee autonomía académica e institucional, lo que le permite desarrollar las siguientes funciones:
-Dictar y reformar sus estatutos.
-Definir sus órganos de gobierno, establecer sus funciones, decidir su integración y elegir sus autoridades de acuerdo a los estatutos y lo que prescribe la ley.
-Administrar sus bienes y recursos.
- Crear carreras universitarias de grado y posgrado.
-Formar y desarrollar planes de estudio, de investigación científica y de extensión y servicios a la comunidad incluyendo la enseñanza de la ética profesional y capacitación sobre la problemática de la capacidad.
-Reconocimiento de los títulos extranjeros.