La microbiología de los alimentos es una rama de la microbiología que se ocupa del estudio de los microorganismos (bacterias, hongos, levaduras, virus y parásitos) que habitan, producen o contaminan los alimentos. Esta materia ofrece una visión integral de la importancia de estos microorganismos en la industria alimentaria, tanto desde una perspectiva positiva, como en la producción de alimentos fermentados, como negativa, al ser causantes de enfermedades transmitidas por alimentos (ETAs) y deterioro.